A aplicação dos recursos transferidos pelo Ministério de Desenvolvimento Social ao Gerar começou a ser investigada depois que uma empresa desclassificada num processo licitatório promovido pela organização a denunciou ao Tribunal de Contas da União (TCU). Em agosto de 2007 o TCU pediu a suspensão dos repasses a organização até que a Secretaria de Controle Externo no Estado do Paraná pudesse realizar uma avaliação do convênio.
O relatório dos técnicos do Tribunal apontou diversas irregularidades na aplicação dos recursos, recomendou que a verba continuasse retida e que os valores repassados à instituição até aquele momento fossem restituídos à União. Já o ministro relator do processo, Guilherme Palmeira, decidiu acolher as justificativas apresentadas pelo Gerar e revogar a medida cautelar que suspendeu os repasses.
O projeto do Gerar com o Ministério começou em 2004. O objetivo do contrato era promover a criação de negócios entre beneficiários do Bolsa-Família. O primeiro convênio teve um aporte de R$ 242.000,00 através do contrato 004/04, que tinha como data de encerramento 30 de janeiro de 2006. Em 14 de dezembro de 2005, o Gerar assinou um novo convênio com o MDS, no valor de R$ 3 milhões válido até maio de 2007. Deste total, o Ministério liberou R$ 1.361.071,68. O projeto foi convertido, então, em Termo de Parceria em dezembro de 2006 no valor de R$ 1.954.900,00. (R.C.F.)

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