No segundo turno um número maior de eleitores deixou de votar em relação ao primeiro turno, apesar de não ter havido desta vez o transtorno das enormes filas registrado no último dia 6. Conforme o boletim do Tribunal Superior Eleitoral, 21h22, quando 72,8% dos votos tinham sido apurados, o índice de abstenção estava em 20,18%, um pouco superior aos 17,7% da votação anterior.
O vice-presidente do TSE, ministro Sepúlveda Pertence, atribuiu a queda no comparecimento à larga distância entre os dois presidenciáveis nas últimas pesquisas de intenção de voto. Mas, observou, a variação não seria significativa em relação ao primeiro turno. Ele classificou como ''pouco provável'' que os eleitores tenham tido ''medo de filas''.
Pertence, que presidirá o TSE nas eleições municipais de 2004, afirmou que estuda diminuir o número de eleitores por seção, uma das principais causas das filas no primeiro turno. ''Mais de 400 ou 450 eleitores por seção é inviável.'' Em um terço dos locais de votação de São Paulo, o número de votantes supera 500.
O número de urnas eletrônicas que tiveram de ser trocadas diminuiu em relação ao primeiro turno de 5.198 para 3.020. No dia 6 de outubro, 325 urnas apresentaram defeitos permanentes, obrigando a adoção de voto manual. Ontem foram 276, sendo 192 com sistema de voto impresso. Pertence afirmou que o sistema de voto impresso, adotado em 19.373 seções, ''nada trouxe de acréscimo à segurança da urna eletrônica''.

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