Quatro meses depois de iniciar-se a operação da TransMilenio (TM), durante manifestações em 9 de abril de 2001, registraram-se os primeiros ataques contra este sistema. Nessa ocasião foram destruídas, a ponta de pedra, as estações das ruas 22 e 19 com a avenida Caracas, onde alguns passageiros sofreram ferimentos leves.
Desde então, segundo informações do jornal ''El Tiempo'', apesar das medidas de segurança, os ônibus de rotas alimentadoras, os articulados e as estações foram afetados por ações terroristas.
No início de 2002 estourou um cilindro bomba a 30 metros do Portal de Usme. Depois, em 6 de janeiro de 2003, um artefato incendiário explodiu próximo da estação de Santa Lucía, no sul. Seis meses depois, três pacotes explosivos foram deixados em igual número de ônibus articulados. Num deles, 60 pessoas conseguiram sair do veículo antes que este se queimasse.
Em 2004, três pessoas ficaram feridas depois da explosão de uma bomba incendiária num ônibus que ia pela avenida Caracas com rua 47 sul. Naquele mesmo ano, na estação do Quiroga, dois passageiros morreram e outros dois saíram com ferimentos pela explosão de quatro quilos de amonal, um poderoso explosivo usado comumente pelas Farc.

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