Na época das bandeiras, a Serra do Cipó, então chamada Serra Vacaria, era caminho para os desbravadores que adentravam a região em busca de ouro e pedras preciosas. Por ele, chegava-se à Vila do Serro Frio (atual Serro) e ao Arraial do Tejuco (hoje Diamantina). Mas sua história é muito mais antiga. Há 1,7 bilhão de anos, a região foi o fundo de um pequeno mar, formado a partir da inundação de uma das fendas que surgiram quando Antártida, Oceania, América do Sul, África e Índia, até então um único continente, começaram a se separar.
Dessa época, há sinais visíveis. As pedras que compõem o cenário do Parque Nacional da Serra do Cipó são principalmente de quartzito, elemento originado da areia depositada no fundo do mar.
A inclinação das rochas para o mesmo sentido, por sua vez, lembra que, ali, ocorreram intensos movimentos tectônicos. Já as inscrições rupestres encontradas na região, bem mais novas na história do planeta mas bastante significativas na história do homem, mantêm registrado o dia-a-dia do ser humano de 2 mil a 8 mil anos atrás.