Muitas espécies ameaçadas de extinção em outras regiões do País podem ser observadas com facilidade no Pantanal, como a paca, o veado-mateiro e o tamanduá-bandeira. Outras, como a arara-azul, que também está desaparecendo, contam no Pantanal com o apoio de fazendeiros, peões e ambientalistas, que tentam impedir a comercialização ilegal da ave.
Foram catalogadas no Refúgio Ecológico Caiman 303 espécies de aves, das cerca de mais de 600 que, estima-se, existam na região. Existem cerca de 230 espécies diferentes de peixes. Entre eles, destacam-se o cachara, curimbatá, dourado, jaú, lambari, pacu, pacupeva, piau, piauçu, pintado, piranha e piraputanga.
Há aproximadamente 90 tipos de mamíferos e 50 de répteis na região. O Pantanal é o habitat do maior felino brasileiro, a onça-pintada, que pode atingir cerca de 130 quilos e vive nas matas ao lado de outras espécies, como jaguatiricas e lobo-guará.
Nas águas, além dos jacarés (em abundância) vivem também lagartos, camaleões e diversas espécies de cobra, como as sucuris. Entre os animais encontrados com maior frequência no Pantanal estão a anta, o bugio, o cachorro do mato, o macaco-prego, o quati, o tamanduá e o tatu.
Caminhando sobre os banhados, os primeiros pássaros jesus começam a aparecer. Eles são chamados assim porque têm os pés muito abertos e pernas compridas, anatomia que os impede de afundar na areia e terra, fazendo parecer que eles estão literalmente ‘‘caminhando sobre as águas’’. Também são conhecidos como ‘‘cafezinho’’. Eles têm a cor do grão do café maduro.
A curicaca, uma garça cinza típica da região também não se faz de rogada e aproveita os banhados para se refestelar com a abundância de pequenos peixes. São peixes que estavam pequenos demais para migrar com as vazantes de volta aos rios e vão morrer predados por outros animais ou vítimas da seca.
Garças brancas se mostram em grupos em praticamente todos os banhados. A garcinha, com suas pernas e bico preto e apenas o pé amarelo também aproveitam o caldeirão de alimento junto com a garça cinza e os frangos d’ água (ave toda preta com o bico amarelo). Na região, há ainda três tipos de cegonhas – o tabuiacá; o cabeça seca e o tuiuiú, ave-símbolo do Pantanal do Mato Grosso do Sul.
Magnífico, o tuiuiú chega a ter mais de 1,5 metro de altura e dois metros de envergadura das asas. Caminha e voa com uma graça inimagináveis em uma ave tão grande.

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