O último jogo do Londrina na Série B do Campeonato Brasileiro foi no dia 25 de setembro de 2004, quando perdeu para o Marília por 2 a 1, no interior de São Paulo. Na oportunidade, o LEC já estava rebaixado para a Série C.
A campanha naquela competição foi para se esquecer. O Tubarão terminou em último lugar entre os 24 participantes ao somar apenas 17 pontos. Foram quatro vitórias, cinco empates e 14 derrotas. Após o rebaixamento, o clube entrou em uma profunda crise técnica, financeira e administrativa que o levou quase ao fundo do poço em 2009, quando uma intervenção da Justiça do Trabalho o salvou da extinção.
Em 2005, disputou a Série C, mas ficou longe de brigar pelo acesso. Com resultados ruins nos estaduais que vieram a seguir não conseguiu vaga para competições nacionais. O que só voltou a acontecer em 2009. Apesar do rebaixamento no Estadual, o time garantiu vaga na, então criada, Série D, após ter conquistado o título da Copa Paraná, em 2008.
Com o clube em frangalhos e sem dinheiro, o time foi até valente e se classificou para a segunda fase. Passou pelo São José-RS, mas foi eliminado pela Chapecoense, na terceira fase. O retorno à Série D só aconteceria novamente em 2013, já sob a administração da SM Sports. Vindo de um ótimo Paranaense, o LEC entrou como favorito, mas parou na segunda fase no Juventude, ao ser eliminado com uma derrota nos minutos finais em Caxias do Sul.
Vacinado do apagão no ano anterior, o Londrina entrou na Série D de 2014 como campeão paranaense e não tomou conhecimento dos seus adversários. Fez a melhor campanha da fase de classificação e passou com facilidade pelo Santos-AP e Anapolina nos mata-matas e conseguiu o tão sonhado acesso para a Série C. Na sequência, o LEC parou na semifinal diante do Brasil, com uma derrota em Pelotas e um empate no estádio do Café. (L.F.C.)

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