O Malutrom nasceu nos anos 70 em um campo de pelada de São José dos Pinhais envolvendo as famílias Malucelli e Trombini. O nome nada mais é do que as iniciais dos sobrenomes: Malu+Trom. A data de fundação do clube aconteceu em 27 de dezembro de 1994, mas somente no dia 30 de julho de 1998 foi transformado em empresa, a Malutrom S.A. Nesse mesmo ano conquistou o título paranaense da Segunda Divisão e no ano seguinte chegou em quarto lugar no Campeonato Paranaense, atrás de Coritiba, Paraná e Atlético. No Regional deste ano ficou com um modesto sexto lugar mas conseguiu um convite para disputar o Módulo Branco da Copa João Havelange, graças ao relacionamento do presidente de honra do clube e também ex-presidente do Coritiba, Joel Malucelli, com os dirigentes do Clube dos 13. O presidente do Malutrom é o empresário da construção cívil, Juarez Malucelli. O vice é o empresário Lenomir Trombini. A principal meta do clube é a revelação de jogadores e a primeira negociação foi o atacante Brasil, vendido ao Salgueiros de Portugal no início de 1999. A segunda foi Marcelo Tamandaré, vendido ao América do México. Este ano o Malutrom implantou um clube de investimentos, adquirindo os passes dos jogadores Adriano, Nivaldo, Rodrigo Batata, Flávio e Calmon.

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