São muitas as polêmicas que envolveram o nome de Wanderley Luxemburgo, principalmente a partir do momento em que ele ganhou notoriedade. A situação que mais constrangeu o treinador foi na tarde de 14 de maio de 1996, ocasião em que foi acusado de atentado violento ao pudor pela manicure Cláudia Laudineide Machado Cavalcante.
Ela o acusou de tê-la molestado sexualmente após ter requisitado seus serviços em um hotel em Campinas. O técnico foi absolvido por falta de provas.
Quando deixou o Santos e se transferiu para o Corinthians, Luxemburgo também teve problemas. Em 1998, os diretores santistas reclamavam que o técnico não havia devolvido ao clube cerca de R$ 450 mil, valor que corresponderia à antecipação de 30% dos salários do contrato de dois anos, que depois foi quitado pelo treinador.

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