Para Carlos Roberto Riede, representante do Iapar junto ao Conselho Curador da Fapeagro, a nova instituição, como agenciadora de trabalhos cooperativos no agronegócio, vem a ser um instrumento facilitador das intermediações de projetos e atividades de interesse comum aos elos das cadeias produtivas. Atualmente, as instituições oficiais, observa Riede, carecem de autonomia administrativa e financeira que poderá em parte ser aliviada pelas parcerias promovidas pela Fapeagro. A agroindústria, o setor agrícola e a pesquisa técnico-científico, deverão estar bem sintonizados para que haja progresso conjunto deste ramo da economia.
Segundo Riede, cabe ao Conselho Curador nomear a Diretoria Executiva da Fundação e fazer com que o estatuto e o regimento interno sejam cumpridos. Deve também aprovar o plano de trabalho e orçamento anual. O Conselho Curador é composto por membros representantes de instituições do ensino superior, setor de agronegócios, instituições de pesquisas e outros membros instituidores e colaboradores.
Com estrutura bem enxuta para contornar as burocracias públicas, as fundações deram bons resultados em outras instituições e são muitas que vêm funcionando a contento, principalmente no Estado de Minas Gerais. Instituições que criaram suas fundações vêm podendo oferecer serviços com mais eficácia, além de captarem recursos para suas necessidades. Entre outros exemplos bem-sucedidos são citadas as fundações criadas junto ao Instituto Agronômico de Campinas, Esalq e Unesp, no Estado de São Paulo.
Para estruturar a Fapeagro,o grupo de técnicos que cuidou de sua fundação desde o início buscou experiências em outras instituições. Hoje quase todas as instituições de pesquisa têm o apoio de uma fundação com características semelhantes. As fundações funcionam como um terceiro setor com ampla atribuição. Quaisquer que sejam as tendências da instituição, estatizante ou privatizante, o terceiro setor representado pelas fundações administrativamente autônomas tem amplo espaço para crescer, como instrumento prestador e agenciador de serviços.
Paulo Varela Sendin, diretor Administrativo da Fapeagro e participante do grupo de Planejamento Institucional do Iapar, e José Gomes, gerente executivo da Fapeagro e pesquisador do Iapar, observam que a Universidade Federal de Minas Gerais tem um Núcleo Interdisciplinar que se dedica aos estudos sobre Gestão em Organizações não Empresariais. Nesses estudos estão embutidos os papéis das fundações. Eles dão exemplos do mecanismo de funcionamento das fundações congêneres e relacionam uma gama de serviços de alto nível que a Fapeagro pode oferecer.

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