Ao longo de sua existência, a empresa também fez pesquisas na área da pecuária, destinadas à melhoria dos níveis de nutrição dos rebanhos, padrão genético, qualidade das pastagens e rastreamento de animais. ''Vitória da Embrapa'', ''Lenda da Embrapa'' e ''Vitoriosa da Embrapa'' são bezerras clonadas por pesquisadores da Embrapa. ''Vitória'', de três anos, é o primeiro clone bovino da América Latina. ''Vitoriosa'' é clone de ''Vitória'' e ''Lenda'' foi clonada a partir de um animal morto.
Também foram elaboradas cultivares de frutas para atender às demandas dos importadores. A Embrapa trambém conseguiu autorização do Ministério do Meio Ambiente para fazer pesquisa de campo com variedades geneticamente modificadas de mamão e feijão.
O diretor-presidente da Embrapa, Clayton Campanhola, afirmou que, em 2003, objetivo da Embrapa foi identificar linhas de ação que tornassem viáveis os sistemas produtivos conduzidos por agricultores familiares e agricultores de baixa renda. Ao mesmo tempo, completou, a estatal deu continuidade às pesquisas de ponta, em áreas avançadas do conhecimento, especialmente no campo da biotecnologia, fundamentais, segundo ele, para que a empresa seja hoje considerada referência mundial em tecnologia agropecuária.

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