Entre os seus objetivos a Fapeagro pretende:
- Promover, colaborar e executar programas, projetos, empreendimentos, pesquisas e atividades do agronegócio, visando o seu aprimoramento técnico e científico, através de ações que visem:
1) Oferecer parceria e instrumental técnico necessários à realização de atividades educacionais, de difusão ou estudos, com o propósito de aperfeiçoar as relações interinstitucionais;
2) Oferecer parceria e instrumental técnico necessário à condução de estudos, pesquisas e experimentos, de forma a assegurar a continuidade de trabalhos e projetos, inerentes ao campo de atuação da Fundação.
- Promover o aperfeiçoamento de Recursos Humanos nas áreas de pertinência da Fundação;
- Ampliar o intercâmbio de informações e cooperação técnica com organismos especializados do País e do exterior;
- Contribuir para o aumento da capacidade de instituições governamentais e não-governamentais em receber, assinar e consolidar a cooperação externa nos aspectos técnico-administrativos e no que se relaciona à sua estrutura institucional;
- Proporcionar à iniciativa privada, cujo objetivo de atividade guarde identidade de propósitos com os da Fapeagro, um instrumento institucional de coparticipação na programação e apoio financeiro às pesquisas de interesse dos setores ligados ao Agronegócio;
- Participar da captação de recursos públicos ou privados destinados ao financiamento de projetos, programas de pesquisa, desenvolvimento, aprimoramento e formação de Recursos Humanos de instituições governamentais e não-governamentais.
- Para consecução de suas atividades a Fapeagro poderá celebrar convênios, acordos ou contratos com entidades de direito público ou privado, nacionais ou internacionais, respeitados seus estatutos.

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