Um dos entraves no controle da ferrugem é a dificuldade de identificação nos sintomas iniciais. A doença só pode ser facilmente observada na fase de maturação, quando as folhas já
estão amarelas e os danos são irreversíveis. O ciclo de reprodução do fungo causador da ferrugem é de 7 a 10 dias. Por isso podem acontecer vários ciclos durante a safra soja (aproximadamente 130 dias).
Na fase inicial aparecem lesões pequenas e transparentes, com formato de bolhas d'água, evoluindo para pequenas manchas escuras no tecido foliar. Várias manchas podem ser confundidas com outras doenças e confundir o técnico ou o agricultor, levando a aplicações desnecessárias de fungicidas.
Como não existem cultivares resistentes à ferrugem, o controle por meio da aplicação de fungicida tem mostrado ser eficaz, quando realizado logo após a identificação dos primeiros sintomas. Contudo, o fungicida não permite um tratamento preventivo, já que o efeito residual é de 25 dias, aproximadamente.
A pesquisadora Cláudia Godoy explica que se o produtor aplicar em caráter preventivo, pode passar o período de ação do defensivo e o fungo atacar a planta no momento seguinte, levando a uma segunda aplicação. Além de redução de produtividade o agricultor terá maiores gastos.
A média de produtividade da soja no Brasil é de 2.800 quilos/hectare. No Paraná, o índice médio chega aos 3 mil kg/ha. A pesquisa tem incentivado para que os agricultores façam as contas e decidam se vale a pena perdas de até 70% em produtividade.
O custo do controle é de 2 a 2,5 sacas por hectare. Se a ferrugem for identificada no início do ciclo de vida da planta, será preciso, em média, três aplicações de fungicidas durante a safra.

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