O Hospital de Misericórdia São João Batista tem uma área construída de 4,5 mil metros quadrados e uma área total de nove mil metros quadrados. O prédio, avaliado pelos proprietários em R$ 1,2 milhão, está localizado na Rua Doutor Euclides Monteiro, na área central. A instituição foi construída no início da década de 60, com a ajuda da comunidade e funcionou até 1999. Naquele ano, a infra-estrutura foi locada pelos proprietários para a prefeitura municipal.
Alguns empresários já visitaram a instalação do antigo hospital e existe a possibilidade de locação parcial do imóvel para a implantação de uma maternidade.
A entidade mantenedora do hospital é a Congregação das Irmãs de São João Batista e Santa Catarina de Sena - Medéias. Em Ibaiti também funciona a Fundação Hospitalar de Saúde Municipal de Ibaiti.

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