Uma das torres gêmeas do World Trade Center já havia sido alvo de um atentado em 26 de fevereiro de 1993, com um saldo de seis mortos e mil feridos. Esse primeiro ataque terrorista em solo norte-americano foi realizado por fundamentalistas islâmicos que receberam longas condenações a prisão.
A explosão, realizada com uma bomba carregada com 600 quilos de dinamite escondida em uma rampa de acesso ao estacionamento subterrâneo, provocou uma cratera de 30 metros de diâmetro e 60 metros de profundidade, e além disso provocou um incêndio. A bomba também sacudiu os seis andares do subsolo dos dois maiores arranha-céus de Nova York.
Pouco depois caiu o teto da estação de trens que fazem o trajeto entre Nova York e Nova Jersey, provocando pânico e desolação: um desfile de macas e ambulâncias, crianças presas em elevadores invadidos pela fumaça, dezenas de helicópteros pousando nos tetos das duas torres de 110 andares para evacuar as pessoas desesperadas e presas em seus locais de trabalho, algumas das quais quebravam as janelas para conseguir respirar. Nesse dia, 55 mil pessoas estavam na torre sul no momento do atentado.
O paquistanês Ramzi Yussef, ''cérebro'' do atentado, foi considerado culpado e condenado a 240 anos de prisão em janeiro de 1998. ''Sim, sou terrorista e me sinto orgulhoso'', afirmou Yussef ao tribunal nova-iorquino. Ele acrescentou: ''Apóio o terrorismo sempre que seja contra os Estados Unidos.''
Depois do julgamento de Yussef, a ministra da Justiça da época, Janet Reno, declarou que a pesada condenação do ativista islâmico era ''uma mensagem aos terroristas do mundo inteiro''. Antes de Yussef, outros quatro fundamentalistas islâmicos haviam sido condenados, em agosto de 1994, a um total de 240 anos de prisão por esse atentado.
Além disso, em janeiro de 1996, outras 10 pessoas, entre elas o xeque Omar Abdel Rahman, líder espiritual de uma organização clandestina fundamentalista egípcia, receberam longas sentenças por um amplo complô terrorista que tinha como alvos edifícios públicos, incluindo o World Trade Center, ou infra-estruturas de comunicação da região de Nova York.

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