Até os anos 80, as principais causas eram doenças infecciosas e parasitárias, relacionadas com verminoses e diarréia, e doenças preveníveis por imunização, como o tétano, meningites e sarampo.

De 2000 para cá, as principais causas estão relacionadas à gravidez e ao parto:
- 54% dos óbitos acontecem no período neo-natal, que é o primeiro mês de vida do bebê. Em geral são relacionados a afecções maternas, como diabetes, hipertensão arterial, infecção renal e no trato urinário. Esses problemas resultam em bebês prematuros e muitas vezes no óbito infantil.
- 15% por má-formação, ou seja, porque algum órgão vital do bebê está mal formado e não há como fazer a correção. Normalmente são óbitos inevitáveis.
- 9% por doenças parasitárias e infecciosas.
- 7% por doenças do aparelho respiratório, como bronquite e pneumonia.
- Pequeno número por causas externas, como asfixia, inalação de conteúdo gástrico e traumas por acidentes ou agressões.

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