Segundo o Portal do Investidor, a custódia de valores mobiliários compreende o serviço de guarda e de exercício dos direitos relacionados, tais como recebimento de dividendos e bonificações, resgate, amortização ou reembolso, e exercício de direitos de subscrição. As centrais depositárias são autorizadas pela Comissão de Valores Mobiliários (CVM) a prestar esse serviço.
As centrais, de acordo com o portal, podem exercer determinados direitos em nome e por conta do real proprietário que os deixou depositados. Porém, elas não podem alienar os valores mobiliários depositários ou reaplicar as importâncias recebidas, salvo autorização expressa em cada caso. Da mesma forma, salvo mandato expresso com prazo não superior a um ano, as centrais de custódia não podem exercer o direito de voto que couber às ações sob sua custódia.

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Nas negociações realizadas na Bolsa ou nos mercados de balcão administrados pela B3 (antiga BM&F Bovespa) a central depositária mantém uma estrutura de contas individualizadas em nome de cada investidor final, mas não estabelece uma relação direta com ele. O investidor não poderá depositar diretamente seus ativos na central depositária. Ele terá que procurar um agente de custódia (geralmente a própria corretora) que abrirá uma conta em seu nome na custódia da central depositária. Para a atualização de um dado cadastral, o investidor deve fazer esta solicitação para o agente de custódia do qual é cliente que, por sua vez, fará a atualização na central depositária.

A conta de custódia do investidor pode ser movimentada por vários motivos. As principais movimentações são os créditos de ativos comprados, os débitos de ativos vendidos e as provisões e créditos relativos aos direitos desses ativos (dividendos, juros sobre capital próprio, resgates, bonificações, desdobramentos, subscrições etc.).

Adicionalmente, a conta pode ser movimentada por depósito, transferência e retirada de ativos. A responsabilidade pela movimentação da conta de custódia do investidor é do agente de custódia do qual o investidor é cliente. Entretanto, a central depositária informa diretamente aos investidores finais o estoque de ativos deles mantidos sob sua responsabilidade.

A partir do cadastro, os investidores já podem acessar diretamente a sua conta na central depositária, através do Canal Eletrônico do Investidor – CEI, pela internet, onde podem consultar, entre outros, o saldo diário e o extrato mensal de custódia dos ativos e o aviso de negociação de ativos – ANA. Além disso, o investidor recebe por correio o Extrato Mensal de Custódia.